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深坑镇南宫位于深坑区大仑脚，深坑的旧名「簪缨」，因为四面环山，形成坑状而有此名。深坑镇南宫主祀神祇是一块经过风化后形状像妈祖的巨石，该石像也有百年历史，四周围的墙都是用方形状的石块堆砌而成，石妈祖已成为深坑区最具有特色的庙宇。

据说百年前有一个看牛的孩童，跑到一座自然生成的妈祖石像上尿尿，结果脚不良于行，于是孩童父母赶紧到石像前谢罪，尔后有位善心人士便因此盖了一座草房庙供奉石妈祖，并发愿等赚钱发达后再好好改建，果真不多久该善心人士发达了便重新修建宫庙，并请专人替石妈祖开面，于是水南宫(镇南宫前身名)正式诞生。

宫内最大的特色，是主神石妈祖连著神桌和左右二根石柱，都是同一座石头公，长约一０五公尺而且形状成鹤状，乡民称它为白鹤仙师。

深坑镇南宫旁有一登山石阶步道，约有384阶，路旁有设置「石妈祖路碑」的纪录及建筑步道的历史说明碑。步道蜿蜒在青山的绿林中，站在石妈祖庙前的广场可以俯瞰深坑区的全景。